本学会では、平成22(2010)年7月1日付にて認定医制度に関する規則と施行細則を定め、平成22(2010)年11月から認定医制度を実施しています。認定医制度設立の趣旨は、上規則の序文に記してある通り、高い専門水準を有する子どもの心の診療医の養成にあります。令和5(2023)年10月1日の時点で270 名の学会員が、当学会の認定医を取得されています。